قبل از انجام هر برنامه به­نژادی، باید از مقدار تنوع ژنتیکی جامعه گیاهی مورد مطالعه اطلاع داشت. به همین منظور جهت بررسی تنوع ژنتیکی موجود در توده‌های بومی گشنیز ایران، آزمایشی بر روی 16 توده بومی در قالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار در سال زراعی 1393 و در مزرعه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس اجرا شد. اختلاف معنی‌داری بین توده‌های گشنیز از نظر تمامی ویژگی­های مورد مطالعه وجود داشت. بر اساس نتیجه­های مقایسه میانگین‌ها به ترتیب توده‌ 450 برای عملکرد میوه، توده 160 برای مقدار اسانس و توده 353 برای وزن خشک بوته بیشترین میانگین را داشتند. بر اساس نتیجه­های تجزیه به عامل‌ها، تعداد 5 عامل در نظر گرفته شد که در مجموع 31/77% از واریانس داده‌ها را توجیه کردند. همچنین بر اساس نتیجه­های تجزیه خوشه‌ای، توده‌های گشنیز به چهار گروه تقسیم شدند، به طوری که بر اساس ماتریس فاصله‌ای فرد با فرد، بیشترین فاصله ژنتیکی بین توده‌های 306 و 230 و کمترین فاصله ژنتیکی بین توده‌های 347 و 36 مشاهده شد. در نهایت، برای رسیدن به عملکرد میوه، عملکرد سبزی و زودرسی بالا به ترتیب استفاده از توده‌های 450، 353 و 230 در برنامه‌های به‌نژادی توصیه می‌شود.