جداسازی RNA از بافت‌های گیاهان چوبی، به خصوص گل‌های درخت خرما، به دلیل داشتن غلظت‌های بالایی از ترکیبات فنولیک، پلی‌ساکاریدها، الیاف فیبری، پروتئین‌ها، متابولیت‌های ثانویه (تانن‌ها، لیگنین‌ها و ترکیبات چرب) بسیار مشکل است؛ زیرا در برخی از روش‌های استخراج RNA، کلاف‌های تولیدی به دلیل وجود آلاینده‌های ناشناخته حلالیت کمی دارند و در بعضی موارد کلاف‌های تولیدی ژلاتینی هستند که نشان دهنده وجود آلودگی‌های پلی ساکاریدها است و کمپلکس این ترکیبات با RNA می‌تواند RNA را برای کاربردهایی مانند تکنیک RNA-Seq غیرقابل استفاده کند. بنابراین دستیابی به یک روش استخراج مناسب که بتواند RNAی با کمیت و کیفیت مناسب را تولید کند، از اهمیت بالایی برخوردار است. از این رو در مطالعه حاضر به منظور دستیابی به RNAی با کیفیت جهت انجام مطالعات RNA-Seq، هفت روش استخراج RNA (شامل سه کیت (Column RNA Isolation Kit، Total RNA extraction mini kit و Neasy Mini Kit) و چهار بافر استخراج (ترایزول، فنول-کلروفرم، لیتیم کلراید و RNX-PlusTM)) با یکدیگر مقایسه و روش استخراج اسید نوکلئیک از گل‌های این گیاه بهینـه‌سـازی شد. تغییرات صورت گرفته در جهت بهینه‌سازی استخراج RNA شامل استفاده از تیمار پیش‌گرما روی بافر استخراج، کاهش دور سانتریفیوژ حذف آلودگی DNA و حذف DEPC می‌باشد و به منظور از بین بردن DNA ژنومی و پروتئین‌ها از DNase و پروتئیناز K استفاده شد و پس از استخراج RNA، کمیت و کیفیت آن با استفاده از اسپکتروفتومتری و ژل الکتروفورز مورد بررسی قرار گرفت. از این رو براساس نتایج این مطالعه مشخص شد که از بین کیت‌ها و روش‌های استفاده شده تنها روش لیتیم کلراید بعد از تیمارهای از DNase و پروتئیناز K و تغییرات صورت گرفته در جهت بهینه‌سازی، از کمیت و کیفیت بالایی از لحاظ غلظت RNA استخراجی (ng/µl 5/247) و وضوح باندهای 28SrRNA و 18SrRNA روی ژل آگارز و همچنین بالا بودن نسبت‌های جذبی A260/A280 و A260/A230 برخوردار بود. بنابراین بر اساس نتایج این مطالعه می‌توان بیان کرد روش بهینه سازی شده انتخابی بـرمشکلات استخراج RNA از بافت‌های سرشـار از ترکیبـات پلی‌فنولیک، پلی‌ساکاریدی، ترکیبات فیبری، لیگنین‌ها و اسیدهای چرب چون گل خرما فائق آمـده و نمونه RNAهای استخراجی توسط این روش برای انجام مطالعات RNA-Seq، توسط این پژوهشگران جهت توالی‌یابی ارسال شد.
Mazarie A, Ganjali S, Fahmideh L, Hassanzadeh Khankahdani H, Kord H. Comparison and Optimization of Different Methods for Isolating of Total
RNA From Date Palm Flower Tissue to Perform Molecular Studies. IJHST 2024; 25 (1) :65-76 URL: http://journal-irshs.ir/article-1-644-fa.html
مزارعی ایوب، گنجعلی صالحه، فهمیده لیلا، حسن زاده خانکهدانی حامد، کرد حدیت. مقایسه و بهینه سازی روش‌های مختلف استخراج RNA کل از بافت گل خرما جهت انجام مطالعات مولکولی. مجله علوم و فنون باغبانی ایران. 1403; 25 (1) :65-76
