|
شناسایی ژن‌‌های کلیدی درگیر در رسیدگی میوه لیموترش با استفاده از واکاوی داده‌‌های ریزآرایه
|
زهرا زینتی   ، حسین امین ، سیما سازگاری |
| دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی داراب، دانشگاه شیراز |
|
|
چکیده: (1230 مشاهده) |
طی دهه‌‌های اخیر تلاش‌‌های متعددی به‌منظور تشریح مولکولی مکانیسم‌‌های اساسی رسیدن میوه انجام شده است. درک جامع شبکه تنظیمی رسیدگی در تنظیم کیفیت میوه، تغییر زمان رسیدگی و افزایش ماندگاری حائز اهمیت می‌‌باشد. در پژوهش حاضر، با توجه به ارزش غذایی و دارویی لیموترش، داده‌‌های ریزآرایه مربوط به بافت این میوه در دو مرحله نموی نارس و بلوغ، با هدف شناسایی مسیرها و ژن‌‌های مرتبط با رسیدن، توسط نرم‌‌افزارهای بیوانفورماتیک از جمله Bioconductor Limma، DAVID ، String و iTAK مورد بررسی قرار گرفت. نتیجه‌ها نشان داد تعداد 4255 پروب‌‌ست در مرحله نموی رسیده نسبت به نارس افتراق بیان نشان دادند. یکی از مسیرهای غنی‌شده KEGG توسط این پروب‌ست‌‌ها، مسیر کاروتنوئید بود. با توجه به افزایش بیان ژن‌‌های مسیر زیست‌ساخت کاروتنوئید در مرحله رسیدگی و نقش این مسیر در بیوسنتز آبسیزیک اسید (ABA)، می‌‌توان بیان داشت سوخت و ساز و علامت‌‌دهی ABA نقش کلیدی در رسیدگی میوه لیموترش دارد. افزون بر این، افزایش بالای رونوشت‌‌های ژن‌‌های کلیدی درگیر در مسیر زیست‌ساخت اتیلن در مرحله رسیدگی، می‌‌تواند مؤید نقش اتیلن و مسیر انتقال پیام آن در رسیدگی این میوه باشد. بر اساس نتایح پژوهش حاضر ژن رمزکننده آنزیم 1-آمینو سیکلو پروپان کربوکسیلات اکسیداز 1 (1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 1) دارای بیشترین افزایش بیان (05/13 برابر) در مرحله رسیدگی در مقایسه با میوه نارس لیموترش بود. جستجو برای تعیین عوامل رونویسی با افزایش بیان منجر به شناسایی 41 عامل رونویسی شد. هم‌‌چنین واکاوی شبکه مرتبط با ژن‌‌های با افزایش بیان، منتج به شناسایی 10 ژن به‌عنوان نقاط کلیدی شبکه از جمله عامل رونویسی HY5-like گردید. دست‌‌ورزی ژن‌‌های معرفی شده می‌‌تواند یکی از راهکارهای بهبود متابولیت‌‌های ثانویه و تغییر زمان رسیدگی میوه لیموترش باشد که در صورت موفقیت، به تولید ارقامی با زمان رسیدگی مطلوب می‌‌انجامد که می‌‌توانند در مناطق مختلف مورد کشت قرار گیرند. |
|
| واژه‌های کلیدی: واکاوی مسیر KEGG، رونوشت، شبکه ژن، مرکبات، عوامل رونویسی |
|
|
متن کامل [PDF 1150 kb]
(924 دریافت)
|
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
بیوتکنولوژی و کشت بافت
دریافت: 1399/7/26 | پذیرش: 1400/2/10 | انتشار: 1400/11/15
|
|
|
|
|
|
|
| ارسال پیام به نویسنده مسئول |
|
|
|
| ارسال نظر درباره این مقاله |
|
|
|
