بنفشه‌ها ­(Viola spp.) گیاهانی علفی هستند که از قدیم به جهت زیبایی و خاصیت­های دارویی در اروپا کشت می‌شدند. بومی شرق آسیا، بخش‌هایی از مدیترانه و شمال شرقی اروپا هستند. این پژوهش با هدف شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی و تعیین رابطه­های خویشاوندی برخی نژادگان‌های بومی جنگل‌های شمال کشور انجام شد تا در صورت وجود تنوع ژنتیکی کافی از نتیجه­های آن در برنامه­های به­نژادی آینده بنفشه استفاده شود. این پژوهش در سال‌های 92-90 و در دو عملیات صحرایی شامل نمونه­برداری از برگ‌های جوان 37 نژادگان از دو گونه  V. odorataو  V. albaبنفشه و آزمایشگاهی شامل استخراج DNA، PCR، الکتروفورز و غیره در آزمایشگاه علوم باغبانی دانشکده کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس انجام شد. از 20 آغازگر ISSR استفاده شده در این پژوهش، تعداد 18 آغازگر چند شکلی بالا نشان دادند. در 37 نژادگان بنفشه در مجموع، 117 قطعه قابل امتیازدهی در محدوده 200 تا 1000 جفت باز تولید کردند که 59 قطعه چند شکلی نشان دادند. تجزیه خوشه‌ای با استفاده از الگوریتم UPGMA و بر اساس شاخص دایس و آنالیز اتصال همسایه، نژادگان‌های مورد مطالعه را به چهار گروه مجزا تفکیک نمود. همچنین بر اساس ضریب تشابه ژنتیکی نای، دو گونه مورد مطالعه شباهت ژنتیکی بالا (2/91%) و فاصله ژنتیکی بسیار کم (2/9%) داشتند.