تنش غرقابی باعث کمبود اکسیژن و اختلال در فعالیت ریشه می شود که بخشی از این اختلال به اثرات احتمالی آکواپورین‌ها مربوط است. آزمایش فاکتوریل در قالب طرح کاملاً تصادفی با تیمارهای شامل گیاه تحت تنش غرقابی دارای آکواپورین فعال و گیاه تحت تنش غرقابی که فعالیت آکواپورین آن متوقف شده بود و گیاه شاهد بدون تنش در دو زمان کوتاه مدت 48 ساعت و بلندمدت 10روزانجام شد. با از بین رفتن فعالیت آکواپورین وزن تر و خشک شاخساره و ریشه کاهش یافت و مدت زمان تنش اثری بر آن نداشت. پتانسیل آب برگ و ریشه در تنش غرقابی بدون آکواپورین منفی‌‌تر از حالت غرقابی و شاهد بود و پتانسیل آب ریشه در تنش غرقابی بلندمدت منفی‌‌تر از تنش کوتاه مدت آن بود. محتوای اسیدآبسیزیک در تنش غرقابی افزایش یافت به طوری که در حضور آکواپورین در مدت طولانی باعث افزایش اسیدآبسیزیک و در عدم حضور آکواپورین در مدت کوتاه افزایش یافت. بیان ژن آکواپورین ریشه و برگ در تنش غرقابی و عدم حضور آکواپورین در بلند مدت افزایش و در کوتاه مدت کاهش یافت. به طور کلیشاخص آنتی‌‌اکسیدان بیشتر تحت تاثیر مدت زمان تنش قرار گرفت. میزان پتاسیم و اسیدآبسیزیک گیاه در عدم حضور آکواپورین افزایش یافت تا با بستن روزنه محتوای آب گیاه را حفظ کند از طرفی کاروتنوئید به عنوان پیش‌‌ساز تولید اسیدآبسیزیک نیز افزایش یافت. به طور کلی به نظر می‌‌رسد حضور آکواپورین‌‌های ریشه در حفظ تعادل آب در فلفل در شرایط غرقابی نقش مهمی ایفا می‌‌کند.
